起動時にハードディスクをマウントさせないためには、/etc/fstabにnoautoを書くのですが、見るとそんなファイルは存在しませんでした。

どうやらなければ勝手に作れば良いようです。

sudo vi /etc/fstab
に
UUID=E16E79A4-6FAF-3E7A-B81C-70C3B35CD1C1 none hfs rw,noauto
と書きます。

他のディスクはきちんとマウントされます。

UUIDの部分は、
diskutil info /Volumes/volumename
で調べれば良いようです。

【参照記事】
MacOSX で HDDをマウントさせない方法 - zero-codeのはてなダイアリー