NP_Referer2でリファラーの統計を取っているのですが、
少し、解決の兆しが見えてきました。。

NP_Referer2.phpの356行目辺りの
function searchString($from, $query) {
の直下に
$query = mb_convert_encoding($query, _CHARSET, "EUC-JP,SJIS,UTF-8,JIS,ASCII");
と入れます。

mb_convert_encodingの第3引数は、"auto"で自動的に文字コードを理解してくれるはずですが、文字によってはエラーを表示してしまいます。
そこで、"EUC-JP,SJIS,UTF-8,JIS,ASCII"としてみると、今のところエラーなしで動作してくれます。
どうやらサブモジュールでエラーを出しているようです。

同じことで悩んでいて、同じことをしている人はいるものですね。

GMF Owner's blog: 【IT】mb_convert_encodingの罠

さて、解決できない文字化けは、第3引数の順番で解決するのだろうか?