外付けハードディスクにYosemiteをインストールし、その外付けハードディスクから起動して使っています。

すると、Finderの右クリックで出てくる「このアプリケーションで開く」に内蔵ハードディスクのアプリケーションも表示されてしまい、重複表示されています。

[システム環境設定]の[Spotlight]の中の[プライバシー]の中に内蔵ハードディスクを入れます。

そして、ターミナルを開き、

を実行します。

これでスッキリしました。