何かしているうちに「このMacについて」の「ストレージ」タブの色分けがおかしくなっていました。

他の方のブログでは
Spotlight：フォルダとボリュームの再インデックス方法 - Apple サポート
を参考に、修復できたというのもあるのですが、うちのはすべては修復できませんでした。

ちょっと強引ですが、
ルートにある
/.Spotlight-V100
をターミナルから削除。

再起動すると、Spotlightのデータベースが再構築されて、色分けが正常になりました。