総合情報管理ツールAgendaの新元号対応についてですが、年号の表示は、Windowsの設定で動作するので、Windowsが対応すれば、Agenda側の表示も新年号で表示します。
総合情報管理ツール Agenda

Windows側の対応については、今後のアップデートで調整がおこなわれると思いますが、すぐに変更したい場合は、下記のリンクのいずれかが参考になると思います。
Windowsで新元号｢令和｣対応方法〜レジストリ修正〜 | ITnews on the Web
Windowsのレジストリに「令和」を追加する。 - Qiita

Windows XpやWindows2000など、レジストリで対応できないものは、本ソフトでも新年号に対応しません。